در پی واگذاری زمینی به مساحت 5700 مترمربع به دانشگاه پیام نور استان یزد، و با کمک دو میلیارد ریالی خیر محترم بانو میرجلیلی، ساختمان پژوهشکده علوم پایه و نانوفن آوری دانشگاه در دو طبقه  و با زیربنای 1400 مترمربع احداث گردیده و سپس با کمکهای مالی دانشگاه و استانداری محترم یزد، تجهیزات آزمایشگاهی و لوازم مورد نیاز جهت راه اندازی پژوهشکده تامین و فعالیتهای پژوهشی آن آغاز گردید. در سال 1389 با صدور مجوز تاسیس پژوهشکده توسط شورای دانشگاه پیام نور، فعالیتهای پژوهشکده جهت اخذ مجوز شورای گسترش وزارت علوم ، تحقیقات و فناوری ادامه یافت. در سال 1391 پژوهشکده به عضویت ستاد نانوی ریاست جمهوری پذیرفته شد. گروه های تحقیقاتی این پژوهشکده شامل نانوبیوتکنولوژی، نانومواد و نانوشبیه سازی می باشد.

در حال حاضر علاوه بر خدمات دهی به اساتید و دانشجویان تحصیلات تکمیلی پیام نور در مقاطع ارشد و دکتری، در راستای تحقیقات مربوط به پایان نامه همکاریهای دوجانبه با مرکز دانشگاهی و تحقیقاتی دیگر از جمله دانشگاه تهران، دانشگاه یزد، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی یزد، پارک علم و فناوری  نیز داشته است.

این مرکز در حال حاضر با داشتن بسیاری از تجهیزات آزمایشگاهی مربوط به حوزه نانو آمادگی همکاری و خدمات دهی به کلیه اساتید، محققین و دانشجویان و مراکز علمی صنعتی کشور را دارا می باشد.